小肠细胞内癌是世上亚太区常见的癌症之一，其之中75%为小肠透明细胞内癌（clear cell renal cell carcinoma，ccRCC）并占据了小肠细胞内癌遇害的绝大部分。为了了解到ccRCC起因的原子机制，TCGA对基因两组两组、一般说来基因两组、RNA两组完成数据分析，深入研究工作单单都有多种抑癌基因两组不足之处在内的ccRCC原子构造。研究工作了解到VHL基因两组异常是一个普遍性开端惨剧，随后PBRM1、SETD2、KDM5C、BAP1等性状参与的基因两组两组变动避免疾病进展，并与侵袭性变异关的。这些研究工作声称除了两组织起来学评核外，可以利用原子构造对ccRCC病人完成分级研究工作，同时深入研究工作单单ccRCC起因的特有基因两组两组构造。过去认为，ccRCC对习惯的抗生素和放疗具压制起着，疗程切除是暂时性的主要抗生素手段。近年来，基因两组两组数据分析深入研究工作单单一些细胞内闭环抗肿瘤，而且FDA批准后了关的药物，但ccRCC病人对这些药物的催化十分有限。这提示转换成处理过程十分复杂，基因两组两组、一般说来基因两组、RNA两组的基本上数据分析可能不足以进一步地深入研究工作单单癌症的型式以已确定理论上的抗生素方法，我们须要开发新的立体化性数据分析策略。2019年10月31日，来自约翰霍普金斯学院的Hui Zhang和Daniel W. Chan、弗吉尼亚大学学院的Marcin Cieslik和Alexey I. Nesvizhskii 、西奈山伊坎所学院的Pei Wang和诊断细胞质两组数据分析协会（Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium）合作在Cell杂志上发表文章Integrated Proteogenomic Characterization of Clear Cell Renal Cell Carcinoma，通过对并未抗生素的ccRCC和选取的癌旁正常两组织起来比对完成基因两组两组、一般说来基因两组、RNA两组、细胞质两组、细胞内细胞质两组学的立体化性数据分析，了解到基因两组两组数据分析深入研究工作单单一个与基因两组两组震荡关的的独特原子亚群；细胞质-基因两组两组学立体化性数据分析深入研究工作单单由基因两组两组偏离所避免的细胞质疾患，其之中都有参与硫酸细胞内代谢物、细胞质之中文翻译处理过程和细胞内讯号诱导等的细胞；对之中特异性细胞内诱发程度完成数据分析，描写了四种以不同细胞内闭环为构造的特异性性ccRCC亚型。研究工作共得来110个并未抗生素的RCC比对及84个相选取的癌旁正常两组织起来（NAT）比对，对同一个比对完成基因两组两组、RNA两组和细胞两组学数据分析。细胞两组和细胞内细胞两组学数据分析分别深入研究工作单单11355种细胞和42899种磷酸肽，其之中7150种细胞和20976种磷酸肽在所有样品都赢取验证。为了适当多重数据的立体化数据分析，对110个比对完成均基因两组两组DNA、均核苷酸DNA和总RNADNA，其之中107个完成DNA磷酸化数据分析，同时75个NAT比对完成总RNADNA。经过两组织起来学评核和原子构造数据分析后，103由此可知ccRCC和80由此可知NAT比对的数据用作在此之后数据分析。ccRCC的基因两组两组学数据分析了解到细胞核低水平的变动有：细胞核3p的肩低水平不足之处（93%），细胞核5q的提较低（54%）、细胞核14q的不足之处（42%）、细胞核7的提较低（34%）、细胞核9的不足之处（21%）。其之中，14个ccRCC比对之中了解到单单广泛的拷贝数相异（CNVs），说明基因两组两组的较低度震荡。而且层级更佳的了解到单单较低度的基因两组两组震荡，这与基因两组两组非整倍体和病状妨碍有关的路透社相一致。61%的ccRCC了解到单单一种或多种易位惨剧，主要起因在细胞核3q残基和5号细胞核（20%）、2号（11%）和8号（7%）等。新型细胞核重排t（3：2），即3p不足之处和2q提较低，与t（3：5）重排彼此间排斥；细胞核倒置同时避免3q的提较低和3p不足之处。总之，102由此可知ccRCC比对之中都了解到单单3p残基的疾患。细胞分裂内性状的数据分析结果了解到，85%的ccRCC之中不存在VHL的疾患，是最常见的性状；PBRM1、BAP1、KDM5C、SETD2的性状比由此可知分别为43%、17%、18%、16%，而且基因两组性状和DNA磷酸化数据分析了解到基因两组两组的失活避免mRNA和细胞的减少。对核糖体CpG岛的磷酸化完成数据分析，根据早先路透社的CpG岛磷酸化变异一个大（CIMP）完成分类，36由此可知CIMP+了解到单单层级更佳、收尾更晚、基因两组两组震荡更佳等构造。基因两组两组变动很难通过顺式起着严重影响同残基的mRNA和细胞质轻元素，通过格氏试剂起着严重影响其他残基。对mRNA、细胞质和磷酸肽的立体化数据分析，深入研究工作单单对RNA低水平、之中文翻译低水平和之中文翻译后低水平都有严重影响的基因两组两组变动，并深入研究工作单单与层级关的、癌与非癌两组织起来两者之间区别理解的基因两组抗肿瘤。由此可知如，与PI3K-mTOR讯号关的的SQSTM1、OSBPL3、GOLPH3单单现拷贝数相异（格氏试剂起着）；多能RNA系数YY1（格氏试剂起着）起因性状。对这些基因两组两组变动完成闭环数据分析，了解到细胞核3p的不足之处避免低氧讯号、细胞内周期诱导和细胞内的升至，硫酸细胞内、甘油代谢物和TCA循环系统的降至有关；5q的提较低避免mTORC1和MYC讯号的升至，7p的提较低避免细胞之中文翻译和上皮两者之间充质转移讯号的升至；9p不足之处避免抑制系数CDKN2A不足之处，与之中文翻译开端、m TOR、MYC讯号升至有关；14q不足之处避免WNT讯号理解降至，MYC讯号、N-内源性修饰、IFN- γ讯号升至。其之中75%的CIMP+不存在14q不足之处，而且CIMP+了解到单单MYC讯号、细胞之中文翻译升至的顺式起着，并与硫酸细胞内（OXPHOS）升至和暂时性粘连减少有关的性。数据分析ccRCC癌两组织起来和非癌两组织起来的细胞理解区别，挖掘出ccRCC之中565个细胞降至，255个细胞升至，其之中特异性催化、EMT、低氧、细胞内和mTOR讯号在之中升至，TCA循环系统、甘油代谢物和OXPHOS闭环降至。细胞内途径的细胞和m RNA 的升至具耦合性；而OXPHOS只有细胞被降至，其mRNA没有人变动，声称OXPHOS的诱导起因在之中文翻译低水平。通过磷酸肽的轻元素数据分析，深入研究工作单单CDK1、MAPK1（ERK2）是大多数之中2个位列三较低的磷酸-底物惨剧。与S期进入/进展（CDK7-MCM2）和G2/M检查点（WEE1-CDK1）关的的细胞内底物在大多数之中升较低；大部分所有的都升至EGFR（MAPK的下游抗原）的细胞和磷酸肽理解，而对VEGF抗原如FLT和KDR则可依赖性理解。纵向数据分析所有比对之中磷酸肽轻元素区别，深入研究工作单单几种磷酸肽共理解在线，都有细胞内周期和血管转换成两个不发挥作用整体细胞质两组和RNA两组变动的模块。基于特异性分两组的一般构造，并混合RNA两组学、细胞质两组学的构造，很难对ccRCC完成分型：1）CD8+炎性；2）CD8-炎性；3）VEGF特异性缺乏；4）代谢物性特异性缺乏。由此可知如，CD8+炎性展现单单CD8+ T细胞内诱发程度较低，特异性任由标记物PD1、PD-L1、PD-L2、CTLA4等基因两组理解升至，14号细胞核不足之处频率较较低等构造；CD8-炎性展现单单天然特异性催化的构造，DC和巨噬细胞内都是，内皮细胞和凝血级联细胞理解提较低等构造。分级是ccRCC的重要病状指标，通常和收尾、大小有关。较低层级之中，参与之中文翻译、mTOR讯号、EMT等闭环的基因两组在mRNA和细胞低水平均升至，其他细胞内闭环则在RNA两组和细胞两组单单现非协同性升至，如细胞内周期诱导和DNA修复的mRNA提较低，而OXPHOS和N-内源性修饰的细胞提较低。低层级的表现单单抗原酪氨酸、RAS、MAPK、Notch、RAP1讯号闭环等在mRNA和细胞的提较低，同时升至RNA关的处理过程的细胞理解。根据的细胞两组区别将ccRCC划分3两组：ccRCC2较低理解天然特异性和白血球脱颗粒关的的细胞，ccRCC3升至细胞内、mTOR讯号、低氧关的的细胞，ccRCC2和ccRCC3和较低的层级关的，数ccRCC2与早期关的；ccRCC1升至适应性特异性、N-内源性修饰、OXPHOS和甘油代谢物关的细胞，与较低层级和末期有关。总的来说，研究工作路透社了利用基因两组两组、一般说来基因两组、RNA两组、细胞质两组、细胞内细胞质两组学等多种种系统对ccRCC完成大规模细胞-基因两组两组学数据分析，暗示了基因两组两组偏离对功能的严重影响，为从原子医学角度合理可选择抗生素解决方案提供者了依据。类似单单处：Did J. Clark, Sarana M. Dhanasekaran, Francesca Petralia, et al.Integrated Proteogenomic Characterization of Clear Cell Renal Cell Carcinoma.Cell, Vol. 179, Issue 4, p964?83.e31Published in issue: October 31, 2019
